Les gratte-ciels ou les gratte-ciel (les deux orthographes sont autorisées) en sont le meilleur exemple, Cette phrase ne peut pas se dire seule....

Exemple est masculin donc meilleur s'accorde avec..

en dans ce cas présent suppose que vous faites une comparaison , c'est pour moi un complément d'objet.

Les gratte-ciels sont le meilleur exemple...MAIS DE QUOI ??? Donc ajouter un COD (complément objet direct) , "des batiments adaptés aux mégapoles"......OU bien dire Dans les mégapoles, les grattes-ciel sont le meilleur exemples de batiments adaptés.

J'espère vous aider sans ajouter trop de confusion....

"en" is used as a pronoun if what you're replacing uses "de". Example, "Les grattes ciels sont le meilleure exemple de l'architecture moderne." becomes "les grattes ciels en sont le meilleure exemple." It's like saying "Skyscrapers are the best example of this."

"y" is used as a pronoun if what you're replacing uses "à". Example, "Je joue pas mal au foot" becomes "J'y joue pas mal."

Hope that helps.